Las enfermedades autoinmunes son patologías de gran complejidad clínica, difícil diagnóstico y complejo tratamiento cuya etiología permanece aún desconocida pese a los múltiples avances realizados en los últimos años. En la génesis de estas enfermedades participan múltiples factores que confluyen entre sí para dar origen a cada una de las patologías autoinmunes conocidas, sean estas órgano-específicas o sistémicas. Entre estos elementos se incluyen la pérdida de los mecanismos de tolerancia, factores de susceptibilidad genética (polimorfismos HLA, genes no HLA y mecanismos epigenéticos), factores ambientales (agentes vivos de enfermedad, agentes inorgánicos, hormonas y otros) y factores inmunológicos (linfocitos reguladores, citoquinas y moléculas co estimulatorias, entre otros).Es bien conocido que los diferentes trastornos de autoinmunidad generan desbalances en la regulación inmune y consecuentemente en las poblaciones de linfocitos.
Un abordaje para el tratamiento de enfermedades autoinmunes se base en brindar drogas de tipo inmunosupresoras que afectan el conteo de las diferentes subpoblaciones e incluso su funcionalidad. La cuantificación de estos tipos celulares mediante citometría de flujo, se pueden obtener abordajes individualizados de los pacientes y permite tener un control más estricto sobre las dosis y efectos terapéuticos secundarios. Un ejemplo de esto es el monitoreo de la terapia con Rituximab de los pacientes con Artritis Reumatoide y Lupus. El Rituximab es un tratamiento biológico utilizado posterior al fallo terapéutico de primera línea. Es un anticuerpo monoclonal dirigido contra la proteína CD20 de los Linfocitos B. Cuando el anticuerpo monoclonal se une su célula diana, ocasiona la estimulación de la respuesta inmune y la destrucción celular e incluse puede bloquear mecanismo de crecimiento celular. Debido al gran impacto que posee es indispensable lograr la efectividad del medicamento, pues se espera al menos una disminución del 80% de los Linfocitos B basales del paciente. Este monitoreo se debe realizar mediante Citometría de Flujo y con la búsqueda otro marcador típico de Linfocitos B como lo es el CD19 y el CD20.