BD Rhapsody Single Cell Analysis System.

El sistema de análisis unicelular BD Rhapsody™ permite la captura de alto rendimiento de información multiómica (proteómica, transcriptómica y epigenómica) de células individuales, mediante un simple flujo de trabajo con la utilización de avanzados cartuchos y un sistema de códigos de barras de varios niveles para identificación y reconocimiento.

La información capturada de las células únicas se puede utilizar para generar varios tipos de bibliotecas para next generation sequencing (NGS). Al secuenciar posteriormente las bibliotecas se obtiene información de alta resolución de células individuales.

Funcionamiento del BD Rhapsody Single Cell Analysis System

El proceso de BD Rhapsody se puede dividir en varias etapas clave:

  1. Primeramente, es posible marcar y estudiar el componente proteómico de la superficie e interior de las células con los mismos anticuerpos BD en los que confiamos y conocemos de citometría de flujo, pero con la diferencia de que los BD AbSeq Antibody-Oligo se encuentran acoplados a oligonucleótidos, actuando como un de código de barra. Además, es posible estudiar más de 1 muestra simultáneamente con el kit BD® Single-Cell Multiplexing Kit que identifica con anticuerpos acoplados a oligonucleótidos, todas las células de cada muestra.
  2. Captura de Células: Es recomendable contar con las células en estudio en un estado purificado. Esto se puede lograr por medio de separación magnética por selección negativa o sorting celular con un equipo como el BD FACSMelody, por ejemplo. Seguidamente las células de la muestra se capturan individualmente utilizando microfluidos avanzados en un cartucho especializado en el BD Rhapsody™ Express System. Obteniendo una tasa de captura de hasta el 80%, con una muy baja tasa de multiplets; y con un rendimiento final de hasta 40 000 células por cartucho. Este proceso asegura que cada célula se aísle con precisión, minimizando la pérdida de información y la mezcla de señales de diferentes células. Cabe resaltar que es posible capturar y analizar células frágiles como granulocitos, PBMCs, células CAR-T, células madre, células tumorales derivadas de xenoinjertos, células plasmáticas, linfocitos y sus subpoblaciones; y más.
  3. Lisis y Captura de ARN: Una vez que las células están capturadas en los micropocillos, se adicionan perlas magnéticas recubiertas de secuencias de indexado y captura de ARNm. Las células luego se lisan para liberar su contenido. Esto permite la recolección eficiente de las moléculas de ARN mensajero (ARNm) y de los identificadores de los BD AbSeq Antibody-Oligo. Es muy importante recalcar que estas etapas clave anteriores pueden ser monitoreadas y evaluadas por medio del BD Rhapsody™ Scanner. Registrando así un control de calidad del proceso y obteniendo información de parámetros muy valiosos como la tasa de captura, la viabilidad celular, tasa de multipletes, entre otros.
  4. Transcripción Inversa y Amplificación: El ARNm capturado se convierte en ADN complementario (cDNA) a través de un proceso de transcripción inversa. Luego, este cDNA se amplifica de acuerdo con el panel seleccionado, creando así la biblioteca para la secuenciación de nueva generación. El portafolio BD de paneles incluyen:
    • Panel Onco-BC (humano) para cáncer de mama investigación oncológica
    • Paneles de respuesta inmune (humana o de ratón)
    • Panel de células T (humanas)
    • Paneles personalizados: solicite un panel para hasta 500 de su genes de interés; el servicio BD Bioinformatics puede generar un panel personalizado a partir de sus hallazgos de la WTA o listas de genes solicitados.
    • Paneles complementarios: agregue hasta 100 objetivos a cualquier panel prediseñados o personalizado.
    • BD Rhapsody™ TCR/BCR Amplification Kit; El propósito de este kit es proporcionar los reactivos necesarios para preparar bibliotecas de TCR y BCR humanos de longitud completa y es compatible tanto con el análisis de transcriptoma completo (WTA) como con los ensayos de ARNm dirigidos.
  1. Secuenciación: Una vez creadas las bibliotecas, estas se secuencian utilizando tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS).
  2. Análisis de Datos: Dentro de la solución completa BD Rhapsody™ Single Cell Analysis System se encuentran las herramientas de análisis de los datos de secuenciación como los BD Rhapsody™ Analysis Pipelines y el software de bioinformática SeqGeq™. El software SeqGeq™ permite a los investigadores realizar análisis avanzados, exploración y visualización de datos con una interfaz fácil de usar. Siendo así capaces de identificar perfiles de expresión multiómica, detección de subpoblaciones celulares, y muchas más respuestas a preguntas biológicas a nivel de células únicas.

En el continuo desarrollo de la solución completa de single cell mulitomics de la marca Becton Dickinson recientemente se han  incorporado nuevas herramientas como el BD® OMICS-Guard Sample Preservation Buffer y nuevos ensayos como BD Rhapsody™ ATAC-Seq Assays.

Conclusión

El BD Rhapsody Single Cell Analysis System representa un avance significativo en el análisis de expresión mutiómica unicelular. Su capacidad para ofrecer datos precisos y detallados sobre células individuales abre nuevas posibilidades en la investigación biomédica, permitiendo una comprensión más profunda de la biología celular y la patogénesis de enfermedades. Las ventajas en términos de resolución, precisión, flexibilidad y eficiencia hacen de BD Rhapsody una herramienta invaluable para los investigadores que buscan desentrañar la complejidad de la vida a nivel celular.

En Diagnostika nos esforzamos cada día por contribuir al crecimiento clínico y científico de Costa Rica y la región. Agradecemos la oportunidad y nos llena de orgullo formar parte de proyectos de investigación como los llevados a cabo en el Centro de Investigación en Cirugía y Cáncer de la Universidad de Costa Rica (CICICA-UCR), destacados en estas noticias nacionales:

Referencia bibliográfica

  1. https://www.bd-rhapsody.com/
  2. https://scomix.bd.com/hc/en-us
  3. https://www.bdbiosciences.com/en-us/products/instruments/single-cell-multiomics-systems
  4. https://www.bdbiosciences.com/en-us/products/reagents/single-cell-multiomics/targeted-kits
  5. https://www.bdbiosciences.com/en-us/products/software/seqgeq-bioinformatics-software
  6. https://www.bdbiosciences.com/en-us/products/reagents/single-cell-multiomics/omics-guard-sample-preservation-buffer
  7. https://www.bdbiosciences.com/en-us/products/reagents/single-cell-multiomics/bd-rhapsody-atac-seq-assays
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